2023年／日本／カラー
配給：東宝
©青山剛昌／小学館・読売テレビ・TMS 2023
迫りくる暗黒の終着駅！
絶体絶命の窮地から救い出せ！
テレビシリーズ「漆黒の特急ミステリートレイン」を軸に、灰原哀の過去話と新規映像で再編した特別編集版『名探偵コナン 灰原哀物語〜黒鉄のミステリートレイン〜』が、2023年1月6日（金）に全国ロードショー！
科学者で黒ずくめの組織の一員、宮野志保【コードネーム シェリー】は、神秘的な毒薬 APTX（アポトキシン）4869を開発する。それは、工藤新一を幼児化させた薬だった！
しかし、黒ずくめの組織が姉・明美を殺害したと知ったシェリーは、組織を裏切り、自身もAPTX4869を飲んでしまう。薬によって幼児化した彼女は灰原哀と名乗り身を隠しているのだが、少しずつ、だが確実に黒ずくめの組織が彼女に影を落とす。
組織の幹部、ジンと最悪の再会を果たし命を狙われた『黒ずくめの組織との再会』、バスジャックに遭遇した車内で組織のメンバーの気配を感じ死を覚悟した『謎めいた乗客』、クライマックスは豪華列車の中で窮地に追い詰められた『漆黒の特急（ミステリートレイン）』ベルモット、そしてバーボンとの直接対決に敗れた灰原は、組織の思惑通り、貨物車の爆発に巻き込まれ死亡したと思われたのだが‥‥。トンネルを抜けた先に見えた真実とは？
テレビシリーズ「漆黒の特急ミステリートレイン」を軸に、灰原哀の過去話と新規映像で再編した特別編集版。そして、組織との新たなる対決は2023年4月14日（金）公開の『名探偵コナン 黒鉄の魚影』へとつながる！
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